解:(1)A (3,2),B (3,-4),點E是直線AB與x軸的交點,
∴E點坐標為(3,0).
∵拋物線y=ax
2+bx-3過點E,且頂點F的橫坐標為1,
∴

,解得

,
所以a=1,b=-2;

(2)在矩形ABCD的四條邊上,存在點P,使得三角形AFP是等腰三角形.理由如下:
①當PA=PF時,點P在線段AF的垂直平分線上.
(i)設P
1是線段AF的垂直平分線與AB的交點,設BP
1=x,
∵P
1A
2=P
1F
2,
∴(6-x)
2=x
2+2
2,解得x=

,
∴點P的坐標為(3,-

);
(ii)設P
2是線段AF的垂直平分線與CD的交點,設CP
2=y,
∵P
2A
2=P
2F
2,
∴(6-y)
2+2
2=y
2+4
2,解得y=2,

∴點P的坐標為(5,-2);
②當AF=AP時,點P與點C重合,
此時點P的坐標為(5,-4);
③當FA=FP時,設CP=m,
∵FA
2=FP
2,
∴6
2+2
2=m
2+4
2,解得m=2

,
∴點P的坐標為(5,2

-4);
綜上可知,點P的坐標為(3,-

)或(5,-2)或(5,-4)或(5,2

-4);
(3)拋物線上存在點Q在∠EMC的平分線上,理由如下:
由(1)得y=x
2-2x-3,設Q點的坐標為(x,x
2-2x-3),則x<5.
點Q在∠EMC的平分線上即點Q到x軸和到直線CD的距離相等,
所以-(x
2-2x-3)=5-x,
整理得,x
2-3x+2=0,
解得x=1或2,
所以點Q的坐標為(1,-4)或(2,-3).
分析:(1)先求出E點坐標,再由拋物線y=ax
2+bx-3過點E,且頂點F的橫坐標為1,列出關于a,b的方程組,解方程組即可求出a,b的值;
(2)當三角形AFP是等腰三角形時,分三種情況進行討論:
①PA=PF,又分兩種情況,(i)P在AB邊上;(ii)P在CD邊上.根據兩點間的距離公式列出方程,解方程即可;
②AF=AP,則點P與點C重合;
③FA=FP,根據兩點間的距離公式列出方程,解方程即可;
(3)設Q點的坐標為(x,x
2-2x-3),則x<5,由點Q在∠EMC的平分線上即點Q到x軸和到直線CD的距離相等,列出方程-(x
2-2x-3)=5-x,解方程求出x的值,即可得到點Q的坐標.
點評:本題是二次函數的綜合題型,其中涉及到的知識點有運用待定系數法求拋物線的解析式,等腰三角形的性質,兩點間的距離公式,角平分線的判定,綜合性較強,難度適中.運用數形結合、分類討論及方程思想是解題的關鍵.